Происхождение названия: А. Д. Меншиков, купивший участок на Мясницкой улице, в 1703 приказал вычистить пруд, загрязнённый отходами мясной торговли, который с тех пор стал называться Чистым. В обиход вошло название Чистые пруды, хотя пруд только один.
    Местность, занимаемая бульваром, известна с XVI века, когда здесь обосновались скотобойни — «Животинный двор», позже «Государев боевой двор». Мясная торговля дала имя прилегающей Мясницкой улице, а её отходы, сбрасываемые в ближайшее болото — «Поганому пруду». Из болота вытекал ручей Рачка, протекавший на юг и впадавший в реку Москву у Воспитательного дома.
    C 1699 угловое владение у Мясницких ворот принадлежало А. Д. Меншикову, построившему в глубине двора Меншикову башню. Мясная торговля на Мясницкой была свёрнута в 1710, а в 1723 и бойни были выведены подальше от дома Светлейшего. Дом его перешёл к Куракиным, затем к Лазаревым, а с 1783 в нём был открыт Московский почтамт.
    После пожара 1812 года остатки стены Белого города были снесены, пруд — очищен, а в торцах образовавшегося бульвара выстроены два гостиничных здания. Гостиница у Покровских ворот дожила до наших дней, а у Мясницких — была снесена в 1930-е. На её месте вестибюль станции метро Чистые пруды и памятник А. С. Грибоедову.
    В течение XIX века застройка бульвара чётко разделялась — внутренняя сторона была застроена двухэтажными домами знати и казёнными учреждениями, внешняя — одноэтажными домами победнее. В конце века бульвар застроен трёх-четырёхэтажными доходными домами; в 1945—1952 большинство этих домов были надстроены до шести-семи этажей с сохранением общего архитектурного облика.
    На месте дома 12а (здание Кожсиндиката) в 1912 был выстроен деревянный павильон «Бородинской панорамы». Сама картина Франца Рубо была вывезена с Чистых прудов в 1915, а павильон простоял до 1918.