Название дано по Никитскому женскому монастырю, располагавшемуся на месте нынешнего сквера перед подстанцией метрополитена (дом 7/10, угол Большого Кисловского переулка).
    Древнейшая часть улицы (от современной Манежной площади до площади Никитских ворот) сформировалась на рубеже XV—XVI веков по трассе древней Волоцкой (Новгородской) дороги. Первоначально большая часть земельных владений, примыкавших к улице по правой стороне, принадлежала Новгородской чёрной сотне — одному из посадских объединений тяглых жителей Москвы, составлявших приходы самых древних местных церквей: Вознесение Господне «Малое» и Николая Чудотворца в Хлынове. На левой стороне улицы, не доходя церкви великомученика Никиты, в 1536 году располагался Ямской двор — первый центральный орган управления столицей, учреждённый ещё при Иване III.
    В 1565 году, в связи с учреждением особого удела царя Ивана Грозного, левая сторона улицы вошла в состав опричнины, правая — земщины. На опричной стороне улицы была устроена Кисловская слобода (в районе современных Кисловских переулков), жители которой заготавливали на обиход царского Опричного двора различные соленья. За Кисловской слободой лежала обширная Поварская слобода, основанная предположительно ещё на рубеже XV—XVI вв., в которой проживали царские повара, хлебники, калашники, блинники и т. д.
    С конца XVI в. улица постепенно начинает застраиваться дворами знати. В 1582 году дед царя Михаила Фёдоровича боярин Никита Романович Захарьев-Юрьев основал при церкви великомученика Никиты Никитский женский монастырь, вобравший в себя бывший боярский двор. Монастырь располагался на месте нынешней подстанции метрополитена (дом 7/10, угол Большого Кисловского переулка).
    В 1920 году в связи с 50-летием со дня смерти писателя, революционного демократа А. И. Герцена, была переименована в улицу Герцена. В 1994 году улице возвращено историческое название. В 1997 году основная часть строений улицы от площади Никитских ворот до Садового кольца была включена в состав заповедной территории «Поварская — Большая Никитская».